A cripta da Catedral foi construída sob o altar-mor durante a reforma de 1923. Nela, estão sepultados os seguintes bispos: Dom João Batista Corrêa Neri (1863-1920), Dom Joaquim José Vieira (1836-1917), Dom Francisco de Campos Barreto (1877-1941), Dom Joaquim Mamede da Silva Leite (1876-1947), Dom Paulo de Tarso Campos (1895-1958), Dom Antônio Maria Alves de Siqueira (1906-1993) e Dom Bruno Gamberini (1950-2011). Em 22 de agosto de 1966, Dom Francisco de Campos Barreto foi transladado para o Mausoléu da Casa Geral das Missionárias de Jesus Crucificado (ordem fundada por ele e Madre Maria Villac).